5 Jenis Sistem Penyimpanan yaitu :
1. Sistem Penyimpanan Alphabetic
Merupakan jenis penyimpanan BRM berdasarkan urutan abjad. Huruf depan nama pasien akan dijadikan huruf kunci untuk pencarian pada rak penyimpanan. Pada jenis penyimpanan ini membutuhkan waktu kerja yang lama dan mempunyai resiko tinggi terhaddap timbulnya banyak kesalahan, misalnya nama yang berubah dan nama yang  salah eja.
2. Sistem penyimpanan numerik
Terdapat 3 cara penyimpanan berdasarkan numerik yaitu : sistem nomor langsung (straight numerical filing), sistem angka tengah (middle digit filing), sistem angka akhir (terminal digit filing).
a. STRAIGHT NUMERICAL FILING
Dikenal dengan sistem penjajaran dengan nomor langsung yaitu suatu sistem penyimpanan BRM dengan menjajarkan BRM berdasarkan urutan nomor rekam medisnya secara langsung pada rak penyimpanan. misalnya keempat rekam medis berikut ini akan disimpan berurutan dalam satu rak yaitu 08-00-01, 08-00-02, 08-00-03.
kelebihan dari jenis penyimpanan straight numerical filing adalah :
a. mudah dalam mengambil BRM dengan nomor rekam medis yang berurutan tanpa jeda berapa nomor.
b. mudah melatih petugas-petugas yang harus melaksanakan pekerjaan penyimpanan tersebut
sedangkan kekurangan sistem penyimpanan straight numerical filing adalah :
a. sangat memungkinkan petugas akan berdesak-desakan dalam satu rak, jika berkas yang diambil merupakan berkas yang belum lama disimpan dirak penyimpanan.
b. petugasnya harus memperhatikan seluruh angka pada nomor rekam medis sehingga mudah terjadi kekeliruan menyimpan. makin banyak angka yang diperhatikan, maka semakin besar kemungkinan terjadinya kesalahan. contohnya sering tertukarnya urutan nomor, misalnya rekam medis nomor 46-54-24 tersimpan pada tempat penyimpanan nomor 46-54-42. hal ini bisa terjadi karena beban kerja yang tinggi, sehingga petugas tidak teliti dalam menyimpan BRM, akhirnya BRM yang disimpan terjadi salah letak.
b. MIDLE DIGIT FILING
sistem penyimpanan BRM berdasarkan numerik dengan urutan sistem angka tengah. sistem ini menyimpan BRM dengan mensejajarkan BRM berdasarkan urutan nomor rekam medis pada 2 angka kelompok tengah. dalam hal ini angka yang terletak ditengah-tengah menjadi angka pertama, pasangan angka yang terletak paling kiri menjadi angka kedua, dan kelompok angka paling kanan menjadi angka ketiga. contoh : 48-12-06 (48 kel angka kedua, 12 kel angka pertama, 06 kel angka ketiga)
sistem penyimpanan numerik dengan midle numerical filing ini memiliki kelebihan dan kekurangan yang hampir sama dengan sistem penyimpanan terminal digit filing. tetapi pada jenis penyimpanan (penjajaran rekam medis) ini kelompok angka tengah menjadi pusat pencarian rekam medis dan akan dilanjutkan dengan kelompok angka yang lain.
c. TERMINAL DIGIT FILING 
sistem penyimpanan dengan berkas rekam medis (BRM) numerik dengan sistem angka akhir. pada sistem ini , penjajaran BRM di rak filing dengan menjajarkan BRM berdasarkan urutan nomor rekam medis kelompok akhir. artinya 2 angka pada kelompok akhir ini dijadikan sebagai kunci penyimpanan berkas rekam medisnya. untuk menjalankan sistem ini, terlebih dahulu disiapkan rak penyimpanan dengan membaginya 100 seksi (section) sesuai dengan 2 angka kelompok akhir tersebut, mulai dari angka akhir seksi 00;01;02 dan seterusnya sampai seksi 99. kemudian cara penyyimpanannya pada setiap seksi diisi BRM dengan nomor rekam medis berdasarkan kelompok akhir, kelompok angka akhir pada sistem terminal digit filing sebagai digit pertama (primary digit) sebagai patokan. selanjutnya secara berturut-turut (didepannya) dengan berpatokan pada 2 angka kelompok angka tengah sebagai digit kedua (secondary digit) dan patokan berikunya pada angka kelompok pertama sebagai digit ketiga (tertiary digit). contoh : 48-12-06 ( 48 kel angka ketiga, 12 kel angka kedua, 06 kel angka pertama).
sistem penyimpanan numerik dengan terminal digit filing mempunyai kelebihan seperti :
a. penambahan jumlah dokumen rekam medis selalu terbesar secara merata ke 100 kelompok (section) didalam rak penyimpanan.
b. petugas penyimpanan tidak akan terpaksa berdesak-desak disatu tempat dimana rekam medis harus disimpan dirak.
c. petugas dapat diserahi tanggung jawab untuk sejumlah section tertentu misalnya ada 4 petugas masing-masing diserahi : section (angka akhir) 00-24, section 25-49, section 50-74, section75-99.
d. pekerjaan akan terbagi rata mengingat setiap petugas rata-rata mengerjakan jumlah rekam medis yang hampir sama setiap harinya untuk setiap section sehingga mudah mengingat letak BRM.
e. rekam medis yang tidak aktif dapat diambil dari rak penyimpanan dari setiap section, pada saat ditambahnya rekam medis baru di section tersebut.
f. jumlah rekam medis untuk setiap section terkontrol dan bisa dihindarkan timbulnya rak-rak kosong.
g. dengan terkontrolnya jumlah rekam medis, membantu memudahkan perencanaan peralatan penyimpanan (junlah rak)
h. kekeliruan menyimpan (misfile) dapat dicegah, karena tugas penyimpanan hanya memperhatikan 2 angka saja dalam memasukkan rekam medis kedalam rak, sehingga jarang terjadi kekeliruan membaca angka.
sistem penyimpanan numerik dengan terminal digit filing mempunyai kekurangan seperti :
a. latihan dan bimbingan bagi petugas penyimpanan dalam hal sistem angka akhir, mungkin lebih lama dibandingkan latihan menggunakan sistem nomor langsung, tetapi umumnya petugas dapat dilatih dalam waktu yang tidak lama.
b. membuutuhkan biaya awal lebih besar karena harus menyiapkan rak penyimpanan terlebih dahulu.
3. Sistem penyimpanan kronologis jenis penyimpanan kronologis merupakan jenis penyimpanan BRM berdasarkan urutan peristiwa/kejadian pasien yang datang ke fasilitas pelayanan kesehatan.
4. Sistem penyimpanan subjek (kasus)
jenis penyimpanan BRM berdasrkan kasus penyakit yang diderita masing-masing pasien, misalnya rak pertama utuk menyimpan berkas  rekam medis paa penyakit dalam dan rak kedua menyimpan BRM pada kasus penyakit jantung dan seterusnya.
5. Sistem Penyimpanan Wilayah
Jenis penyimpanan rekam medis berdasarkan wilayah yang ada dilingkup fasilitas pelayanan kesehatan berada. Rak-rak penyimpanan BRM akan dikelompokkan berdasarkan nama wilayah yang ada, sehingga BRM akan disimpan berdasarkan wilayah tempat tinggalnya.